Znanstveniki dekodirajo genom oljčnega drevesa

Raziskovalci Centra za genomsko regulacijo (CRG), Real Jardín Botánico (CSIC-RJB) in Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) so dekodirali genom oljčnega drevesa z uporabo 1,300 let starega primerka, ki pripada Špancem. Sorta Farga kot referenca.

V zadnjih 10 letih je bila genetska koda številnih rastlinskih vrst sestavljena, označena in javno dostopna. Zdaj lahko oljko dodamo na ta seznam sekvenciranih rastlinskih genomov. Triletni raziskovalni projekt je financirala španska banka Banco Santander in objavljen 27. junija 2016 v GigaScience, reviji z odprtimi podatki.

Raziskovalni projekt je koordiniral Pablo Vargas, raziskovalec iz CSIC Real Jardín Botánico, ki je postopek pojasnil v sporočilu za javnost:

"Zaporedje genoma poteka v treh fazah: najprej izolirajte vse gene, ki smo jih objavili pred dvema letoma. Drugič, sestavite genom, pri čemer je treba te gene razvrstiti enega za drugim, kot je povezovanje ohlapnih stavkov v knjigi. Nazadnje identificirajte vse gene ali zavezujte knjigo. Zadnji dve fazi sta to, kar smo naredili in zdaj predstavljamo."

Med postopkom identifikacije genov oljčnega drevesa so raziskovalci odkrili, da ima več kot 56,000 genov, veliko več kot druge rastlinske vrste, in dvakrat več kot v človeškem genomu.

Raziskovalci so tudi razkrili, da je bilo z uporabo 1,300 let starega primerka oljke to prvič, da je tako star ​,war"posameznika” je imel sekvenciran genom. ​,war"Do sedaj so vsi sekvencirani posamezniki, od sadne muhe (Drosophila melanogaster) do prvega analiziranega človeka, živeli določen čas, odvisno od njihove omejene življenjske dobe. To je prvič, da je bila sekvencirana DNK posameznika, starega več kot 1,000 let, ki bo verjetno živel še 1,300 let,« sta razkrila raziskovalca Pablo Vargas in Toni Gabaldón (CRG).

Razumevanje genetske kode oljčnega drevesa bo znanstvenikom pomagalo razumeti različne dejavnike, povezane z drevesom, vključno z njegovo dolgo življenjsko dobo, prilagodljivostjo na sušne razmere in razlikami med sortami, velikostmi in okusom oljk. Navsezadnje bo to olajšalo tudi nove raziskave genetskih izboljšav za pridelavo oljk in oljčnega olja ter kako zaščititi oljko pred bakterijami in okužbami.

Da bi olajšali nadaljnje raziskave, je bilo celotno zaporedje genoma oljčnega drevesa na voljo v javni domeni na GigaScience Baza podatkov GigaDB.

• GigaScience


• Baza podatkov Giga